Da Multiple Sklerose eine Erkrankung des zentralen Nervensystems ist, zeigen sich typischerweise Reiz- und Ausfallerscheinungen des Gehirns, des Rückenmarks sowie der Sehnerven. Dabei können die Beschwerden je nach Ausprägung und Lokalisation der Entzündungen zu Beginn und im weiteren Verlauf stark variieren. In vielen Fällen beginnt eine MS mit folgenden Beschwerden:

- Gefühlsstörungen wie Taubheitsgefühl, Kribbeln und andere Missempfindungen
- Sehstörungen wie Verschwommensehen und Bewegungsschmerz
- Gang- und Gleichgewichtsstörungen
- kognitive Beeinträchtigungen wie Abnahme von Aufmerksamkeit und Konzentration
Durch die Beeinträchtigung des Rückenmarks zeigen sich im Verlauf motorische Störungen. Zu Beginn äußern sich diese als rasche Ermüdbarkeit und ein Schweregefühl in den Beinen. Später ist das Gehen häufig durch ein Steifigkeitsgefühl und Koordinationsstörungen beeinträchtigt. Daneben entwickeln viele Betroffene Blasenfunktionsstörungen. Diese zeigen sich daran, dass diese nicht mehr in der Lage sind, Harn zu halten. Auch Beeinträchtigungen der Sexualfunktion sind möglich.