In vielen Fällen verläuft eine Infektion mit Borrelien unbemerkt. Manchmal kommt es auch zu Beschwerden, allerdings können diese sehr unspezifisch sein. Eine Borreliose ist daher nicht immer gleich zu erkennen.
Als typischen Zeichen gilt die sogenannte Wanderröte. Die Wanderröte (Erythema migrans) tritt bei einem Großteil der Betroffenen auf. Zu erkennen ist die Wanderröte an einer ringförmigen Hautrötung. Diese ist in der Mitte heller und wird Richtung Rand dunkler. Sie ist mindestens 5 cm groß. Die Wanderröte kann bis zu 30 Tage nach der Infektion mit Borrelien auftreten. Häufig zeigt sie sich im Bereich rund um den Zeckenbiss. Sie kann jedoch auch sonst überall am Körper auftreten. Zudem kann es zu Symptomen wie Gliederschmerzen, Muskelschmerzen, Fieber und Lymphknotenschwellungen kommen.
In manchen Fällen entstehen blaurote, knötchenartige Schwellungen der Haut. Diese treten vor allem im Genitalbereich, an den Ohren und an den Brustwarzen auf. Kinder sind davon eher betroffen als Erwachsene.

In seltenen Fällen kommt es nach einer Borrelien-Infektion zu chronischen Hautentzündungen. Die Haut verändert sich, wird bläulich und papierdünn. Gehen die Borrelien auf das Nervensystem über, so liegt eine Neuroborreliose vor. Bei einer Neuroborreliose treten die Beschwerden einige Wochen bis Monate nach dem Zeckenbiss auf. Charakteristisch für eine Neuroborreliose sind brennende Nervenschmerzen. Es können zudem Gesichtslähmungen, Seh- und Hörstörungen, Taubheitsgefühle und Lähmungen in anderen Körperbereichen auftreten. Bei Kindern kann sich diese Form der Borreliose durch eine Hirnhautentzündung zeigen.
Manche Betroffene haben Gelenkentzündungen. In seltenen Fällen ist das Herz betroffen und es können Herzrhythmusstörungen und Herzentzündungen die Folge sein.